でも、コペルニクスって地動説を唱えたわけでしょ。まあ常識的な解釈だと、コペルニクス的ばか者は、いまはバカだと思われているけど、数十年すると彼が言っていることが正しかったという意味になるよね。。。。

その通りですね。
ほんとうに「コペルニクス的」であれば、常識に反して正しい、という意味になりますね。
中田市長はたぶんそのつもりではなく、「常識の理解を超えた馬鹿さ」くらいの意味で言ったんだと思います。
直後に「盗っ人たけだけしい」と言っていますからね。